沈阳农业大学环境工程学科始建于1999年，2004年获批硕士学位授予权，2005年开始招收硕士研究生。主要包括三个研究方向：污染土壤修复与利用、农业固体废物处理与资源化与农业面源污染防治。学科多年来一直秉承理论研究和实际应用相结合，传统方向与拓展新领域相统一的原则，经过不断努力已经取得了长足的进步，学科主要以环境工程学科的基本理论与技术为基础，综合应用多学科的研究方法，通过多学科交叉来解决实际问题，最终形成控制和防治环境污染的一门多学科交叉的理论与工程技术体系；在学科的研究方向上集中体现以化学、农业资源学为基础，加强环境工程的基础理论基础知识，突出农业资源与环境工程的特色。在土壤中污染物质的运移和转化、生态修复、固体废弃物资源化、农产品安全生产环境控等方面的研究上形成明显的学科特色和优势。

环境工程学科始终紧扣农业农村环境保护的历史进程和战略需求，在国家生态文明建设、乡村振兴、污染防治攻坚战、东北老工业基地振兴等重大战略指引下，不断沉淀特色优势，在人才培养、师资队伍、学科建设、科技创新与社会服务等方面不断发展和提升，培养了一代又一代环境工程领域的创新型人才。