农业环境保护学科隶属于农业资源与环境一级学科，与一级学科下的土壤学、植物营养学二级学科有一定相关。2003年被国务院学位委员会和教育部批准在农业资源利用一级学科下自主设置了农业环境与生态二级学科，并获得博士、硕士学位授予权，2012年被国务院学位委员会批准将农业环境与生态学科变更为农业环境保护学科。

根据科学技术发民和国民经济发展需要，农业环境保护学科针对我国农业生态系统变化与人类生态文明和乡村振兴发展过程中所产生的系列环境问题，着力探索有助于实现人类社会发展与资源、环境和谐统一的农业环境综合防治技术和环境保护管理措施。学科充分依托沈阳农业大学以及农业资源与环境一级学科在农学和土壤学领域中的优势，紧密结合国家战略层面对于粮食安全、生态安全和环境安全领域的发展布局，以东北农业资源与农业生产实际为区域特色，系统开展农业资源与环境保护方面的基础理论研究，形成了土壤碳氮转化过程与调控、农业废弃物资源化利用、农业面源污染控制、污染土壤修改与利用四个研究方向。在农田土壤碳氮转化、循环与调控、农田土壤碳汇与减排、污染土壤修复与利用、农业秸秆处理与资源化利用、环境友好型包膜材料研制与新型肥料开发等领域都形成了特色，并取得了重要成果。

学科立足东北黑土地、面向“三农”和“乡村振兴”,以服务东北现代化农业为目标，通过培养和引进高水平人才，预计在5年内将学科建设成为人才队伍结构合理、创新活力强，研究条件良好、培养人才质量高，区域特色明显和社会服务突出的国内有重要影响的学科。